宗教法人の会計基準といったものはありません。宗教法人が利益を目的とせずに存在しているという前提から、社会に対して客観的に成果を公表する会計というものに重きを置いていないことの表れです。とはいえ、何もないというわけにはいかない。宗教法人会計の指針、この指針の実務解説といった日本公認会計士協会による文書はすでに公表されています。その目的は、宗教法人の正確な収支及び財産の状況を把握することにより、宗教法人の健全な運営と財産維持に資することとして掲げられています。これに基づくのが正攻法なのでしょう。
　平成７年の宗教法人法改正によって宗教法人の計算書類に関するルールの見直しが行われました。それまでは、宗教法人は、財産目録を作ることは必要（県に提出している書類です）でしたが、改正により収支計算書も作成することになりました。ただし、小規模法人についてはこの規定の適用外とされたため、相変わらず財産目録だけ、の世界が続いているわけです。
　お寺の会計は財産目録が必須、貸借対照表はなくても可、収支計算書及び正味財産増減計算書は収入金額が８千万円を超える法人の場合に必要ということになっています。
　小規模法人においては、特別に必要な計算書類は無いといえます。しかし、今では普通の家庭でさえも家計簿をつけて支出や残高の管理をしています。ましてや、お寺は経営ですし、言い方が悪いかもしれませんがサービス業でもあるわけです。要求されていないからといって、数字に無頓着でいいのでしょうか。もちろん、いいのですが税を考えるとそうもいかないということを言いたいのです。
　現時点において、会計指針を完全に順守することまでにこだわらなくてもいいと考えますが、最低限でもお金の出入りについては管理するべきでしょう。それが、節税にもつながってくるとしたら尚更のことです。

　公益法人は、収益事業を営まなくても、給与あるいは給与とみなされる額を支払っている場合には、その給与に対して源泉徴収義務が生じます。宗教法人への収入を記録に残さず、家族名義の預金や有価証券としておくと、この分は主宰者の所得と認定されることになります。
　この場合は、本来の所得税を納付しなければなりませんが、加えて過少申告加算税または無申告加算税または重加算税（税額の４０%)を納付することになります。また、納付までの期間に応じた延滞税も必要となります。まじめに納付している納税者とのバランス上、ペナルティはやむをえないものでしょう。
　この段階まで来てしまうと、納付額を減らす節税の工夫の余地はほとんどありません。

 　源泉徴収した税額は徴収の翌月１０日までに納付しなければなりません。ただし、事務手続きの負担を考慮して、給料を支払う人数が常時１０人以下の場合には半年分をまとめて、７月１０日と１月１０日に納付すれば良いという制度があります。これを納期の特例といいます。特例の適用を受けるためには税務署への届け出が必要です。言い遅れましたが、法人として給与を支払うという届け出も必要、給与支払事務所開設届といいます。
　一般の法人では役員や従業員が社宅等に居住している場合には、家賃相当部分から会社負担分を差し引いた金額が給与とされます。逆に言えば役員や従業員は家賃の一部を負担しなければならないことになります。宗教法人においては、庫裏等に居住することが「やむをえない事由」として認められているので給与認定はありません。　同様に、宗教法人が住職等に支給した法衣などについても給与として認識する必要はありません。
　個人で負担すべき飲食代等を宗教法人が負担した場合には、その金額の給与の支給があったものとして源泉徴収の対象にしなければなりません。住職の子弟の学資等を宗教法人が負担した場合にも、その金額を給与の額に含めて源泉徴収しなければなりません。